Ἡ Ἐκκλησία φαίνεται πὼς διέθετε ἀρχικὰ στοὺς τοίχους της κάποια ἀραιὰ φυτικὴ διακόσμηση, τὴν ὁποία ἐπίσης συναντοῦμε καὶ στὸ Μοναστήρι τῆς Χρυσολεόντισσας. Οἱ ἐλαιογραφίες ἔγιναν ἀργότερα.
Ἡ Γεωργία Κουλικούρδη ἰσχυρίζεται πὼς οἱ τοιχογραφίες τῆς Μητροπόλεως ἦταν ἔργο τοῦ Αἰγινήτη ἁγιογράφου Βασιλείου Σταματιάδη ( βλ. στὸ περιοδικὸ «Κῆρυξ τῆς Αἰγίνης», 1967. βλ. ἐπίσης καὶ : Νότη Τσόκα «Αἱ τοιχογραφίαι τοῦ ἐν Ἀμαρουσίῳ ναοῦ τοῦ Ἁγίου Δημητρίου», Ἀθῆναι 1954). Και τοῦ Παντοκράτορος, ότι ἀποτελοῦσαν ἔργο ἑνὸς ζωγράφου ἀπὸ τὸ κτήριο τῶν τότε Φυλακῶν, τοῦ Νικ. Σπάνια. Αυτή ήταν και η άποψη, την οποία εἶχα κι΄ εγώ προσωπικὰ υἱοθετήσει στὴν ἔκδοση τοῦ βιβλίου «Ἡ Μεγάλη Ἐκκλησία – Ὁ Μητροπολιτικὸς Ναὸς στὴν Αἴγινα», τοῦ 1996. Νεώτερη ἔρευνα ὅμως, ἀπέδειξε πὼς οἱ τοιχογραφίες καὶ ὁ ἐσωτερικὸς διάκοσμος τῆς Ἐκκλησίας ἀποτελοῦν θαυμάσια ἔργα τοῦ Κεφαλλονίτη ἁγιογράφου Κωνσταντίνου Λιβαδᾶ-Λιώκη καὶ ἔγιναν κατά το έτος 1905. Αὐτὸ ἀποδεικνύεται ἀπὸ τὴν ὑπογραφὴ τοῦ ἁγιογράφου μὲ ἐρυθρὰ μελάνη κάτω ἀπὸ τὴν τοιχογραφία τοῦ προστάτη του Ἁγίου Σπυρίδωνος, στὸ δεξιὸ διάζωμα τῆς Ἐκκλησίας.
Μποροῦν νὰ συνδυασθοῦν μεταξύ τους αὐτὲς οἱ δύο ἀπόψεις; Τὸ πιθανώτερο εἶναι ,πὼς ὁ Κων/νος Λιώκης-Λιβαδᾶς εἶχε πραγματικὰ ἁγιογραφήσει τὴν Μητρόπολη, κατά το έτος 1905. Ἐπειδή, ὅμως, ἡ ὑγρασία εἶχε ἤδη ἀρχίσει τὸ καταστροφικὸ της ἔργο , φαίνεται πὼς στὴν συνέχεια ἀνατέθηκε στὸν Αἰγινήτη ἁγιογράφο Βασίλη Σταματιάδη ἡ ἐπιδιόρθωση (ἢ καὶ ἡ συμπλήρωση) τῶν τοιχογραφιῶν τοῦ Ναοῦ… Ὁ Σταματιάδης ξεκίνησε τὸ δημιουργικὸ ἔργο του τὸ 1914 καὶ γιὰ μιὰ εἰκοσαετία προσέφερε ὡραιότατα ἔργα σὲ διάφορες Ἐκκλησίες. Πιθανόν, ὁ κρατούμενος Ν. Σπάνιας νὰ ἔκανε τὴν τελευταία ἐπιζωγράφιση στὸν Παντοκράτορος, τὸ 1930. Τὸ γεγονὸς πάντως εἶναι ότι , ὁ διαπιστευμένος συντηρητὴς Μιχαὴλ Μιχαηλίδης, ο οποίος ἀπὸ τὸ έτος 1987 ξεκίνησε κατόπιν των σχετικών εγκρίσεων τὸ ἔργο τῆς συντηρήσεως τῶν ἁγιογραφιῶν τοῦ Ναοῦ, ἀφαίρεσε τέσσερα διαδοχικὰ στρώματα ἐπιζωγραφίσεων, προκειμένου νὰ ἀποκαλυφθεῖ τὸ πρωτότυπο πρόσωπο τοῦ Παντοκράτορος, το οποίο εἶναι ὅμοιο μὲ παρόμοια παράσταση τοῦ Λιώκη σὲ ἄλλη Ἐκκλησία.
