Πολλὰ είναι τα σημαντικὰ ἱστορικὰ γεγονότα, τα οποία συνέβησαν στὸν προαύλιο χῶρο τῆς Ἐκκλησίας, ἰδιαίτερα κατὰ τὴν ἐθνικὰ κρίσιμη περίοδο τῶν ἐτῶν 1826 μὲ 1829. Έχουμε γραπτὲς μαρτυρίες, οι οποίες ἀναφέρουν, πὼς αὐτὸς ὁ χῶρος ἐξυπηρέτησε τὶς ἀνάγκες τοῦ Κοιμητηρίου τῆς ἐποχῆς. Ἐκεῖ ἔγινε ἡ ταφὴ τοῦ Ναυάρχου τῶν Ψαρῶν Νικόλα Ἀποστόλη. Ἀργότερα τὰ ὀστᾶ του μεταφέρθηκαν στὸ Μοναστήρι τῆς Ζωοδόχου Πηγῆς στὸν Πόρο (βλ. Γεν. Ἐφημ. ἀρ. 42/ 19 Ἀπριλίου 1827, θάνατος Ν. Ἀποστόλη: «καὶ τὴν 20ὴν ἐτάφη ἐν μεγάλῃ παρατάξει εἰς τὸν Ναὸν τῆς Ὑπεραγίας Θεοτόκου»).
Γιὰ λόγους ὑγείας ἡ Βουλὴ ἀπεφάσισε καὶ ἔγινε ἡ μεταφορὰ τοῦ Κοιμητηρίου ἔξω ἀπὸ τὴν πόλη τῆς Αἴγινας.
Ἔτσι τὸ Κοιμητήριο μεταφέρθηκε στὸ βορειοανατολικὸ μέρος τῆς πόλεως, στὴν τοποθεσία «Ἅγιος Τρύφων».
(Σημ.: βλ. Γ.Α.Κ. Ὑπουργ. Ἐσωτερικῶν, φακ. 109, ἀρ. 81/ 8 Ὀκτωβρίου 1827: «Ἐπειδὴ ἡ ἐκ τῶν θαπτομένων ἔξω τῆς Ἐκκλησίας τῆς Παναγίας προξενουμένη ἀποφορὰ εἶναι ἐπιβλαβὴς εἰς τὴν ὑγείαν, ἡ Βουλὴ κρίνει ἀναγκαῖονκαὶ προσκαλεῖ τὴν Κυβέρνησιν νὰ διατάξῃ αὐστηρῶς… ὥστε εἰς τὸ ἑξῆς νὰ μὴ συγχωρῇ ἐν οὐδεμίᾳ προφάσει νὰ ἐνταφιασθῇ οὐδεὶς ἐκ τῶν ἀποθνησκόντων πλησίον τῆς Ἐκκλησίας οὐδὲ ἐντὸς τῆς πόλεως ταύτης, ἀλλὰ νὰ διορισθῇ τόπος παράμερος ἀπέχων τῆς πόλεως»).
Στὰ ἑπόμενα χρόνια το Κοιμητήριο μεταφέρθηκε στὴν Ἁγία Εἰρήνη, ὅπου καὶ μέχρι σήμερα βρίσκεται.
