Σε έγγραφα αρχών του 19ου αι. ο Ι. Ναός είναι γνωστός και ως «Ναός της Παναγίας του Αγίου Διονυσίου». Στις ιστορικές πηγές αναφέρεται και ως «μεγάλη εκκλησία» (“μεγάλη”, με την έννοια του κτίσματος), επειδή φαίνεται ότι δεν υπήρχαν τότε τριγύρω άλλα μεγάλα κτίσματα και ο Ναός δέσποζε στην ευρύτερη περιοχή του λιμανιού της πόλης.
